陽だまりの樹

時は安政元年（1854年）江戸時代末期の江戸小石川。伊武谷万二郎は、隠居した父の禄を継いでまだ4ヶ月。ある日、彼の師・千葉周作の臨終の席で、同じ門下生の清河八郎と意見が対立し、果し合いを演じ大怪我を負ってしまう。そこへ治療のため呼ばれた医師・手塚良庵。しかし頑固な二人は大喧嘩を始めてしまうのだった。

ある日、良庵と万二郎は、麻布の蕎麦屋で、偶然再会する。二人とも善正寺の住職の娘・おせきに夢中で、会いに来たところだったのだ。ここでもライバル心を燃やす二人。しかし、その帰り道、見知らぬ侍たちに襲われた良庵を万二郎は、思わず助け、二人の侍を斬ってしまう。が、今度は、それが原因で万二郎は玄武館の門下生に狙われる事に。そして、万二郎と果たすべく現れたのは、あの清河八郎だった。

大阪に着いた良庵は、盲腸に苦しむ十三奴（とみやっこ）という遊女と出会う。が、蘭方医の彼に盲腸の手当ては許されず、現われた漢方医は役に立たない。苦悩する良庵。

念願の大阪・適塾に遂に入門した良庵。しかし、個性的な塾生達や大部屋の汚さに圧倒された良庵は曽根崎新地で寝泊りを続け、勉学はおろそかに。一方、江戸で種痘所の開設に奮闘する良仙は、府中藩家老の手ほどきで若年寄遠藤但馬守に会えることになったが、そこに現れたのは種痘所に反対する幕府の奥医師達だった・・・。

江戸を大地震が襲った。万二郎は人々を浜に避難させるが、そこはならず者の縄張りだった。金を払わねば斬ると人々を脅す彼らに万二郎は刀を抜くが・・・。

種痘の技術より人々への理解をと洪庵から言われ、種痘の施しをさせてもらえない良庵だったが、その時、疱瘡患者が出たという知らせがある。感染が広がらないように、町中を走り回る良庵だったが、時すでに遅く・・・。 その頃、地震の際の功績を認められた万ニ郎は老中・阿部正弘と対面、いきなり諸外国に対して開港を望むかと尋ねられる・・・。