高校2年生の男子・丹羽真は、両親の海外赴任に伴い、都会で暮らす叔母・藤和女々の家で暮らすことになった。女々には夫も子供もいないと聞いていた真は、女々が仕事で出かけている間は誰にも干渉されず、気ままな暮らしを満喫できると期待する。だが、藤和家の玄関をくぐるや否や、真の期待は打ち砕かれることに。なぜかそこには、女々の娘・エリオが、布団から足だけ突き出た簀巻き状態で転がっていた。

エリオは、見た目はとびきりの美少女ながら、宇宙人を自称する重度の電波女だった。電波女との同居という事態に見舞われながらも、真はクラスメートの女の子・流子や前川さんと一緒に下校したりして、高校生らしい青春イベントに心弾ませる。そんなある夜、エリオのリクエストで一緒に海岸まで出かけた真は、エリオが宇宙人を自称するきっかけとなった事件のことを知る。

エリオには半年に及ぶ謎の失踪期間があり、その間の記憶を失っていた。記憶がない不安から現実逃避し、宇宙人のせいだと思い込むことで心の安定を図ろうとするエリオに、真はいら立ちを覚える。エリオに挑発的な言葉を投げつけて、彼女の宇宙人幻想を壊し、現実と向き合わせようとする真。

真は、青春っぽい体験をする度に獲得できる“青春ポイント”を、独自の基準と計算により集めていた。エリオの妄想を打ち砕くため、一緒に崖から海へダイブした真は、青春ポイントの最高得点である５ポイントを得るのと引き替えに、右腕を骨折して入院するはめに陥る。エリオは見舞いに来なかったが、流子と前川さんが見舞いに訪れて……。

迎えたくない40歳の誕生日を迎えた女々は、半ばヤケクソ気味に大はしゃぎ。エリオから誕生日のプレゼントをもらい、大喜びした女々は、去年の誕生日を祝いそびれたエリオのために、明日はエリオの誕生日にしようと企画する。翌日、宇宙人改め、家事手伝いの地球人となったエリオは、真に社会復帰のため働きたいと告げる。

商店街の駄菓子屋･田村商店で働き始めたエリオ｡そこへ､店の常連だった流子と､流子の友人･ミッキーが来店し･･･｡(C)入間人間/アスキー･メディアワークス/『電波女と青春男』製作委員会