修道院で暮らす15歳の少年・奥村燐は、双子の弟・雪男が名門高校・正十字学園への進学を決める一方、進路が決まらない自分に焦りを募らせていた。翌日、養父・獅郎に送り出されてバイトの面接に向かった燐は、店内で暴れる悪魔の姿を発見！結局この騒ぎで面接は失敗し、またしても落ち込む燐。そんな中、昨夜の喧嘩相手・白鳥が仕返しに訪れる！悪魔のような形相で襲い掛かる白鳥の脅威に、燐の体から青い炎が噴き出した・・・！！！

獅郎に自分が魔神の落胤であることを知らされ、燐はひどく混乱！しかし燐の動揺など構わず、激しく襲い掛かってくる悪魔たち。獅郎に「決して抜いてはならない」と降魔剣を渡され、修道院地下室に隠される燐。外では、巨大な悪魔と化した白鳥と祓魔師たちとの熾烈な戦いが展開される！・・・戦いを終えた獅郎に、燐は怒りを向け「父親ぶるな」と激昂！愛する息子の言葉に衝撃を受ける獅郎。その隙に、強大な存在が彼に憑依する！！

祓魔師への道を決意した燐は、獅郎の友人と名乗る謎の男・メフィストに連れられて、雪男とともに正十字学園へ入学。要塞のように巨大な校舎、雪男の主席入学…と、燐にとって新たな環境は驚きの連続であった！ その後、燐は「魔神の落胤であることは秘密」とメフィストに厳しく釘を刺されつつ、祓魔師の養成所・祓魔塾へ向かう。年季の入った教室には、癖のありそうな塾生たち…。そこに講師として現れたのは、何と雪男だった！

任務を受けた雪男に同行し、燐は祓魔師の用品店、祓魔屋へ向かう。そこで燐は、庭の草木を世話する足の不自由な少女、しえみと出会う。しえみが世話する庭は、亡き祖母から受け継いだ大切なものらしい。その時雪男が現れ、しえみの足を診察。彼女の足に悪魔の痕跡を発見し、雪男は庭が原因と推察する。

祓魔塾の授業では、居眠りをしてばかりの燐。そんな燐の不真面目な態度を見て、努力家の優等生・勝呂は苛立ってばかり。祓魔師になって京都の実家の寺を再興しようとする彼にとって、意識の低い燐が同じ境遇にいることが我慢ならないのだ。短気で喧嘩っ早い、ある意味似たもの同士の燐と勝呂は、当然ながらことあるごとに衝突してしまう！ 体育の授業では、ついには悪魔を使っての危険な度胸試しまで行ってしまうのだが…！？

学園生活を送る燐の目下の最大の悩み、それは毎日の食生活！メフィストから支給される生活費は、なぜか二千円札たった1枚！？これでは、セレブ御用達で高額な学食メニューなど手が届かない。燐は雪男の助言で寮の厨房を使い、自炊生活を始めることに。しかし夜に下ごしらえした料理が、朝になると消えているという事件が発生！そこには人知れず料理番として働く、ある使い魔の姿が・・・。燐と悪魔の熾烈な料理対決が始まる！？