古代から騎士竜の神殿を守り続けてきたリュウソウ族の末裔、コウ (一ノ瀬颯)、メルト (綱啓永)、アスナ (尾碕真花) は、マスターから“リュウソウジャー”を継承する。その矢先、6500万年前に宇宙へ脱出したドルイドンが、地球を征服するため再び襲来。ドルイドンに遭遇したコウはリュウソウレッドに変身し、マスターレッドとともに戦う。ドルイドンの狙いは、神殿に眠る騎士竜の力に違いない。マスターたちはドルイドン制圧に向かい、コウたち3人は神殿を守る役目を任される。しかし、その様子を動画サイト「ういチャンネル」を配信するうい (金城茉奈) に見られてしまい…。

コウ (一ノ瀬颯) は、永い眠りからから覚めた騎士竜を“ティラミーゴ”と名づけるが、どこかへ行ってしまう。騎士竜を探す中、コウはうい (金城茉奈) と再会。古生物学者の父親･尚久 (吹越満) が、騎士竜らしき恐竜の研究をしていると知ったコウたちは、ういの家を訪ねることに。尚久から神殿らしきものの痕跡について聞いたコウたちは、その場を訪れる。近くでは、実業団のフェンシング部の強化合宿が行われていた。そんな中、ユニコーンマイナソーが出現。コウたちはリュウソウジャーに変身して応戦するが、その正体は…。

コウ (一ノ瀬颯) たちリュウソウジャーは、ティラミーゴとともに洞窟へ。そこにはメルト (綱啓永) とアスナ (尾碕真花) の相棒の騎士竜がいた。そんな中、街にメドゥーサマイナソーが出現。リュウソウジャーが応戦するが、メドゥーサマイナソーと目が合ったコウは石化してしまう。追いつめられたメルトたちは、突如現れたリュウソウグリーンとリュウソウブラックに助けられる。2人はトワ (小原唯和) とバンバ (岸田タツヤ) という兄弟だった。

相棒の騎士竜を探すトワ (小原唯和) とバンバ (岸田タツヤ)。2人に仲間になって欲しいコウ (一ノ瀬颯) は、各地の神殿の場所が書かれた地図を持ち出し、話をもちかける。しかし、仲間になる気のないトワは、コウに勝負を挑み、トワが勝てば地図を手にし、コウが勝てば仲間になると条件をだす。そんな中、クラーケンマイナソーが出現。そこでトワとコウは、どちらが早く倒せるかで勝負をすることに。

トワ (小原唯和) は、捨て犬を保護して新しい飼い主を探す保健所のスタッフ･早苗 (益田恵梨菜) と仲良くなる。そんな中、クレオンとタンクジョウが出現。戦いの中、突如地震が起こり、タンクジョウの身体に異変が!? マスターたちの命を奪ったタンクジョウを前に、コウ (一ノ瀬颯) は怒りにまかせて無謀な攻撃を。加勢しようとしたトワは、飛び出してきたケルベロスマイナソーに噛みつかれてしまう。マイナソーを生み出したのは早苗だと知ったバンバ (岸田タツヤ) は…。

トワ (小原唯和) の毒を消す薬を作るためには、毒を持った生物の血液や組織が必要だが、ケルベロスマイナソーはバンバ (岸田タツヤ) がすでに倒してしまった。さらに、毒は周りの人にも移るようで、アスナ (尾碕真花) たちまでダウン。そんな中、メルト (綱啓永) は、マイナソーを倒しても生み出した人間からエネルギーを吸い取られ続けていることから、ある可能性に気付く。コウ (一ノ瀬颯) とメルトは、解毒剤を作るための行動にでる。しかし、毒はバンバ、メルト、そしてコウにもまわり始め…。