大好きな家族がいて、親友がいて、時には笑い、時には泣く、そんな平和な日々を送る中学二年生、鹿目まどか。ある晩、まどかはとても不思議な夢を見る。その日も訪れるはずだった、変わらぬ日常――。しかし、訪れたのは非日常――。まどかの通うクラスにやってきた、一人の転校生、暁美ほむら。まどかが夢で見た少女と瓜二つの容姿をした少女。偶然の一致に戸惑うまどかに、ほむらは意味深な言葉を投げかけるのだった…。

ほむらに襲われたキュゥべえを助ける途中、迷い込んだのは摩訶不思議な空間。絶対絶命のピンチに陥ったまどかとさやかを救ったのは一人の魔法少女。巴マミ。その後二人が誘われたのは、魔法少女の部屋。そこでマミは、キュゥべえに選ばれた者に与えられる資格について語る。魔法少女という存在、そして魔女という存在について。どんな望みをも叶えるチャンスと、その先に待つ過酷な使命。悩む二人に、マミは「自分の魔女退治に付き合わないか」と提案をするのだった。

マミの魔女退治体験コースにも慣れつつある、まどかとさやか。ただし、肝心な願い事は未決のまま。悩む二人に明かされた、マミの過去。「願いの内容が、自分のための事柄でなくてはならいのか？」と問うさやかに、マミは、厳しい口調で「他人の願いを叶えるのなら、なおのこと自分の望みをはっきりさせておかないと」と嗜めるのだった。翌日の放課後、恭介の見舞いに行ったとさやかと付き添いのまどかは、その帰り道、偶然にも病院の駐輪場で孵化しかけたグリーフシードを発見する。放置すれば、大惨事になりかねない事態に、さやかはキュゥべえと共に見張りを、まどかはマミを助けに呼びに走るのだった。

マミと魔女との壮絶な戦いの翌日、訪れたのはいつもと変わらない平和な日常。魔法少女の敗北の結果を目の当たりにしたまどかとさやかは、魔法の世界に関わったことの重さを実感し、魔法少女になることを諦める。その日の夕方、誰もいなくなったマミの部屋を訪れたまどかは、帰り道、マンションのエントランスでほむらと出会う。夕日の中、並んで歩く二人。魔法少女としての死ぬことの現実を語るほむらに、まどかは切ないほど優しい言葉をかけるのだった。