ジンは、祖母と二人暮らしの高校生。学校と宅配バイト先を行き来する平凡な毎日を送る。同級生が修学旅行で恐竜テーマパークへ向かう中、ジンは今日もバイトで山奥まで配達に行かねばならない。時を同じくして南極の氷河の中で発見されたティーレックス“赤竜”を輸送する≪Dアーマー≫車両が、≪機械恐竜帝国≫の襲撃を受ける。そこはジンの配達先と同じ場所。≪Dアーマー≫と機械恐竜帝国の戦闘に巻き込まれたジンはそこでティーレックス“赤竜”に遭遇する。

民間軍需会社のカイザーは、機械恐竜帝国の依頼を受けて地球に散らばった“エターナルコア”を探している。“赤竜”が永い眠りから覚めると、≪機械恐竜帝国≫が直接動き出したことに疑問を抱いたカイザーは、ジンについても調べ始める。ジンは「Dアーマー・アカデミー」への転校手続きのため学校に向かう。「≪Dアーマー≫の存在は誰にも話してはいけない」という教官の言葉を忘れ、友人たちを学校の屋上に連れて行き、≪Dアーマー≫の無人操縦ヘリを自慢するジン。その時、カイザーのドローンがジンを発見して連れて行こうとする。ガーディアンズのおかげでその危機を免れたジン。しかし、身の回りで起こる事件に戸惑うばかりだった。

≪Dアーマー≫は、秘密裏に存在する国連の傘下機関だ。地球に散在する“エターナルコア”が≪機械恐竜帝国≫の手に渡らないように武装化した恐竜を操縦できる10代のリンカーを養育し、実際の戦闘に投入させる。≪Dアーマー≫の司令官・チョルは、“赤竜”の永い眠りを覚ましたジンの姿を見て、“赤竜”とのリンク（交感）テストを行わせる。しかしテストの結果は不合格。悔しさを抱えて「Dアーマー・アカデミー」を飛び出すジン。ところが≪Dアーマー≫の最高リンカーであるセナが“赤竜”とのリンクテストを受けている最中、“赤竜”が突然暴れ出しジンを追いかける。暴走する“赤竜”にセナが襲われそうになったとき、ジンが割って入り“赤竜”を鎮めたのだった。それを見たチョルは、「Dアーマー・アカデミー」にジンを特例入学させることを決める。

「Dアーマー・アカデミー」は恐竜とリンカーの交感のため、乳幼児の時から恐竜と共にリンカーを訓練させる。その中でもごく少数だけが最高パイロットグループ・Sリンカーに選抜される。一度も訓練を受けたことのないジンが入学してくると、量産型パイロットグループのAリンカーたちは露骨に反感を示したが、≪Dアーマー≫に唯一存在する第一世代のリンカー・ハンギョルだけがジンを温かく迎え入れた。成人になるにつれて恐竜との交感が難しくなり、思春期を過ぎるとリンカーを引退する場合が多い中、19歳の今もSリンカーとして活躍するハンギョルは、全リンカーたちの羨望の的。そのハンギョルが自分の味方でいてくれることが、ジンはただただ嬉しかった。

第2基地へ向かう途中に連れ去られたジンと“赤竜”を助けるため、ハンギョルは司令部に助けを求めるが、≪Dアーマー≫全体の通信が遮断されて返答がない。そこにバイクで現れた敵・JJがハンギョルの行く手を阻み対決する。ジン達は敵の輸送船に積まれ、カイザー軍に連れ去られそうになる。“赤竜”と合体できなければ生き残れない窮地に陥ったジンは、奇跡的に“赤竜”との合体を果たす。しかし“赤竜”をうまく制御できず、助けに来てくれたハンギョルを突き飛ばしてしまう。

ヨンフは出撃テスト前のカウンセリングで、母を失望させたくないと語る。ヨンフの母・アギョンは注目を浴びるのが息子のヨンフではなくジンであるのを快く思わず、≪Dアーマー≫を訪れ、ジンのミスについての責任を司令官に問い詰めていた。そんな母の気持ちを汲み取ったヨンフは、ジンの退学を願い出ようとリンカー達と話し合う。そこに退院したハンギョルが現れ、あの事故は自分のミスだから余計なことをするなと制し、ジンのことをかばう。