黒崎一護（くろさき いちご）・15歳。ユーレイの見える高校生。特異な能力ゆえに心霊現象のトラブルに巻きこまれる毎日を送る一護は、最近自分の霊力がさらに強くなっていることを感じていた。ある日、街中で幽霊の女の子を襲って化け物が暴れているところに遭遇する一護。化け物の姿は一護以外見えていない。女の子をかばって逃がそうとする一護。襲いかかってくる化け物。その時、黒装束の少女が現れ、刀をかまえて化け物に立ち向かっていった。

死神化した一護がホロウを撃退した翌朝、一護の家族は昨夜の事件をまったく覚えていなかった。不思議に思いながら登校する一護は、学校で転校生としてやってきた昨夜の死神・朽木（くちき）ルキアと再会する。死神の能力の大半を一護に奪われたルキアは、自らの能力が戻るまで死神代行として戦うことを一護に迫る。しかし、ルキアの命令を拒否する一護。その頃、一護のクラスメイト・井上織姫（いのうえ おりひめ）のもとに不穏な影が忍び寄ろうとしていた。

ホロウとは尸魂界（ソウル・ソサエティ）へと導かれなかった人間の魂が墜ちたもの。ホロウに墜ちた魂は、亡くした心を埋めるために生前もっとも愛した肉親の魂を求める。織姫の兄が墜ちたホロウが狙うのは、当然妹・織姫の魂だった。急いで織姫の家を目指す一護。しかし、すでにホロウは織姫の家に現れていた。無理やり肉体から魂を抜かれてしまう織姫。一緒にいたクラスメイトのたつきも組み伏せられる。果たして一護は間に合うのか？

一護のクラスメイトのチャド（佐渡泰虎／さど やすとら）が『呪いのインコ』を学校に持ってきた。インコに霊的な気配を感じ、魂葬（こんそう）を行うことを決める一護。文句を言いながらも自ら死神の仕事をこなしはじめる一護に感心するルキア。その日の夕方、ケガをしたチャドが黒崎医院に運び込まれる。チャドの体についた傷から強烈なホロウの気配を感じる一護とルキア。チャドがホロウに狙われている？そして翌朝、チャドの姿が病室から消えた。

『呪いのインコ』に取り憑いていたホロウ・シュリーカーと戦うルキアとチャド。力が戻っていないルキアとホロウを見ることが出来ないチャドは連携しながらなんとかホロウと互角に戦う。しかしこれまでに何人もの死神を撃退してきたシュリーカーは何重にも罠をはっていた。そのころ一護は、インコの少年の魂の凄惨な記憶にショックを受けて倒れた一護の妹・夏梨（かりん）を家に送っていてルキア達の危機に気付いていなかった。

死神としての活動に必要な物資を仕入れるため、浦原商店を訪れるルキア。店長の浦原喜助（うらはら きすけ）は飄々としてつかみどころのない人物であるが、この店には浦原が尸魂界から買いつけた不思議な品物が売られていた。ちょうどルキアが前から注文していた義魂丸（ぎこんがん）というアイテムも入荷したところだという。それは死神と化した一護が抜けた後の一護の体に仮の魂を入れて動かす為のアイテムだった。さっそく使ってみる一護だったが…。