クロックワーク・プラネット

地球が滅び、クロックワーク・プラネットとして再生してから1000年が過ぎようとしていた、ある日の区画・京都。機械オタクで時計や歯車に囲まれ生活する見浦ナオトのもとに、突然黒い箱が降ってきた――！ 中から現れたのは、美少女自動人形（オートマタ）のリューズ。故障して動かない彼女を、「音」を頼りに修理しようと試みるが…。

「マイスターギルド」の天才技師マリー・ベル・ブレゲは京都コア・タワーの異常を調査するべく派遣されていたが、軍の不審な動きを察知する。一方、ナオトの高校にリューズが転入生としてやってきた。さえないナオトと美少女リューズの組み合わせに学校中が大騒ぎに…!?

故障していたはずのリューズが動く姿に遭遇したマリー。リューズを修理したのがナオトだと知り、京都のパージを回避すべく協力を申し出る。そしてコア・タワーに向かう中、マリーは自分を陥れようとする黒幕の存在に気付くのだった…。

地下にリューズの妹が眠っていると聞き、協力することに決めたナオト。やっとの思いでコア・タワーの深層部に潜入し、懸命に作業を進めるが、パージの時間は刻一刻と迫っていた。そんな中、ナオトはリューズを失うかもしれない大きな決断を迫られる――！

無事、区画・京都のパージを食い止めナオトとマリーたちだが、そこにはリューズの妹、アンクルは存在しなかった。日常に戻ったマリーのもとに、違法とされる電磁技術を使った短波通信が届く。マリーを挑発するその内容には、新たな陰謀が隠されていた――。

区画・三重の最下層でアンクルと対峙したナオトとマリーたち。しかし、その姿は変わり果ててしまっていた。兵器と化したアンクルと戦う中、ナオトとリューズは大深度地下層へと落ちてしまうのだった…。絶望するマリーに追い打ちをかけるように、隠蔽されていた巨大兵器の存在が明らかになる――。