国家機密機関・国家特別防衛課(トクボウ)では、COLOR CROWたちが巨大社会主義国家・東亜共和国連邦(東連)による更なる攻撃に備え、日々訓練に勤しんでいた。そこに、司令官の椿泰親がトクボウの戦力補強をすべく、新しい候補生・白瀬礼音を連れてくる。そんな中、東連に不穏な動きが。日本政府が水面化で進めていた、南鳥島(別名:マーカス)での「レアメタル採掘事業」を乗っ取ろうとしていたのだ。その動きを察知したトクボウは東連の陰謀を阻止すべく、羅生聖護と蒼田三月の2人をマーカスに向かわせる。その直後、白夜会に潜入していたトクボウのスパイ・百地洸が敵の手に堕ちたとの情報が。それを知った阿佐美煉は無断で百地救出に向かってしまう。煉のバディである乃木杏莉は煉を連れ戻しに行かせて欲しいと椿に懇願する。一方、トクボウを敵視する秘密組織・Dolce財団の大迫由紀夫は、部下の福丸環と、新しく雇った傭兵・黒石小虎に、東連とトクボウが争っている隙に白夜会を潰すよう命令をする。だが、実はこの黒石は、東連の刺客・笑虎であった。マーカスに上陸した聖護たちは、東連の諜報部『SPIX』の隊長・舞龍 から、死んだはずの聖護の弟・研護が東連で生きていると聞かされる。動揺する聖護と、困惑する三月。果たして、2人はマーカスを守りきり、無事に帰還することができるのか。「―どんな絶望からも、お前を救うと決めたんだー」