幼馴染の杠に、長年片想いし続けている高校生の大樹。親友の千空にからかわれつつも、ついに杠への想いを告げようとしたその時、突如、空がまばゆい光で覆われ、世界中の人類が一瞬にして全て〝石化〟してしまう謎の現象が起こる……!!それから約3700年後――。文明が全て消えたストーンワールドで、石化から解放された大樹。かつての親友・千空と再会を果たし、２人はゼロから文明を作り出すことを誓う！

ある日、世界中の人類が一瞬にして全て石化してしまう謎の現象が起こる……！それから約3700年後の世界で目覚めた千空と大樹は、文明が全て消えたストーンワールドで何度も実験を繰り返し、遂に石化を解く〝復活液〟を完成させた。まずは、幼馴染の杠を復活させようと試みる２人だが、思わぬ非常事態に見舞われてしまい、かつて霊長類最強の高校生といわれた男・獅子王司を復活させる！

完成させた復活液で、霊長類最強の男・獅子王司の石化を解いた、千空と大樹。しかし、司は「純粋な若者だけを復活させて、人類を浄化する」という過激な思想を千空に語り、石化した大人を破壊し始める。危険を感じた千空は、幼馴染の杠を復活させ、今すぐこの場から離れる、もしくは３人で司の破壊を止めようと考える。そんな中、戻ってきた司は、自らの殺気を隠す様子もなく、千空たちに迫る……!!

司の元を離れ、箱根までやって来た千空たち。最強の武力を持つ司に対抗する為、〝火薬〟を手に入れたい千空は、箱根で必要な素材を集め、急いで火薬作りを開始する。そんな中、千空たちは、遠くで狼煙が上がっているのを発見する！このストーンワールドに自分たち以外の人間がいる事を確信した千空は、司に見つかるリスクを負いながらも合図を送るが……。

箱根の森で、遠くに狼煙を発見した千空たち。しかし、狼煙の相手と出会う前に、追いかけて来た司に見つかってしまう。杠を人質に取られた千空は、復活液のレシピを教え、「科学を捨てる」という司の取引を受け入れる事が出来ずに殺されてしまう。親友の死に、怒りと悲しみを隠せない大樹と杠だが、「共に闘う」という千空との約束を胸に、司へと挑む！

人類が石化して数千年後のある日。たった一人で石化から目覚めた千空は、文明が全て消えた世界でサバイバル生活をスタートさせる。最低限度の衣食住を確保し、体力ゲージの限界を迎えていた千空は、体力バカの親友・大樹の石像を見つけ出し、復活させようと試みる。そして現在――。司に殺された千空を抱えた大樹と杠も、千空との約束を信じ、蘇生を試みるのだった。