Fate/Apocrypha

「冬木」の大聖杯が強奪され「聖杯戦争」のシステムが崩壊し数十年後―。フリーランスの死霊魔術師（ネクロマンサー）である獅子劫界離は魔術協会に呼び出され、ある「聖杯戦争」への参加を依頼される。それは、かつて奪われた大聖杯を巡り、二つの陣営に分かれ七騎対七騎が争う空前絶後の「聖杯大戦」であった。獅子劫は触媒となる“円卓の欠片”を手に、戦いの舞台であるルーマニアの地へ赴く。

バスに揺られながら、物思いにふける一人の少女―ルーラー。フランスの少女の身体を依代に顕界する異例な召喚をされた彼女は、此度の大戦に違和感を抱いていた。しかし、己の役割を全うすべく、ルーマニアの都市・トゥリファスへ出立する。一方、赤と黒の両陣営も来るべき戦いに向け動き出す――。

供給槽の中で一人のホムンクルスの少年が目覚めた。彼は己の運命に抗い、外の世界へ逃げ出すが、すぐに限界を迎えて倒れこんでしまう。力なく横たわる少年の目の前に現れたのは黒のライダーであった―。一方、トゥリファスへ向かうルーラーの前に赤のランサーが姿を現す。

暴走した“赤”のバーサーカーが黒の陣営の本拠地である城塞へ迫る。これを好機と捉え、ユグドミレニア一族とサーヴァントたちは彼を迎え撃つ。黒のマスターとサーヴァントが出払った城内にて、ホムンクルスの少年は、黒のアーチャーの言葉を反芻しながら、己の生きる意味を苦悩する。そこに“黒”のライダーが現れ、少年の手を取り笑いかける。

自身の心臓をホムンクルスの少年へ捧げ、黒のセイバーは消滅した。ルーラーは黒のセイバーとの約束を果たすべく再び息を吹き返した少年の命を守り、自由を与えることを誓う。しかし、少年が助かった喜びも束の間、黒の陣営はその身柄を引き渡すよう要求する―。

トゥリファスの地下墓地(カタコンベ)からシギショアラの街へ拠点を移した獅子劫と赤のセイバーのもとに魔術協会から一報が入る。ルーマニア全土を恐怖に陥れる連続猟奇殺人鬼の正体がサーヴァントであると睨んだ魔術協会は、神秘の隠匿という協会の主義に反する此度の事件に対処すべく獅子劫へ調査を依頼する。