ムーンセルが作りだした霊子虚構世界“SE.RA.PH”。その世界で退屈な学生生活をおくる岸浪ハクノは、日常の風景に何故か「憎しみ」を感じていた。突如学園の崩壊が始まり、余剰生命体のパージが始まる。友人であったはずのシンジに裏切られ、傷を負いながらも何とか生き残ろうと足掻くが、“辺獄”と呼ばれる焼却炉の底に落ちてしまう。そこでハクノが見たものは、赤く煌めく一振りの剣だった。 [SF/ファンタジー][アクション/バトル][ドラマ/青春]

“辺獄”で、ハクノは「セイバー」と名乗る少女に命を救われる。記憶が曖昧で、自分が何者かもわからず、「憎しみ」だけを強く覚えていたハクノだが、セイバーからSE.RA.PHで行われる聖杯戦争の参加者の一人だと聞かされる。熾天の檻を目指し、第一戦の会場に辿り着いたハクノとセイバーだったが、目の前に広がっていたのは多くの人々が行きかう美しい海洋都市だった。二人は対戦相手を探して、海洋都市を巡るのだが--

ハクノとセイバーが辿り着いた、第一階層・新設海洋都市ケープ。そこでは、マスターが生活の保障のため、政府にサーヴァントを売り払っていった。ハクノとセイバーは学園時代の友人であるシンジのサーヴァントたちに襲われるも、サーヴァントを失った元マスター・遠坂リンに助けられる。リンから上層に上がるためにはシンジを倒すしかないと聞いたハクノは、再びシンジに立ち向かう。

第一階層のフロアマスターであるシンジとドレイクを倒したハクノとセイバー。何故上層を目指すのか、ドレイクに問われるハクノだったが答えることはできなかった。第二階層に到着したと同時に何者かに襲撃され、眼下に広がっていた森へと逃げ込んだ二人。ハクノを庇ったことでセイバーは傷を負い、窮地に立たされる。そんなとき、一人の少女が二人の前に現れ--

ハクノとセイバーはダンとロビンの襲撃を受け、ラニ＝Ⅷの隠れ家へと退却する。そこで今が3020年であり、SE.RA.PHが崩壊すれば人類は滅亡することを知る。再戦に向け作戦会議を行う三人。ラニ＝Ⅷから、ダンは勝利しても上層へは登れないこと、ロビンの二種の宝具は同時に使えないことを聞かされる。ハクノたちは再びダンとロビンと戦うため、森へと向かう。

ダンとロビンに勝利したハクノたち。第二階層で命を落としたマスターの遺志と共に在ると決めたラニ＝Ⅷを残し、ハクノとセイバーは次の階層に向かう。第三階層は亡霊集う夢の跡地、通称・名無しの森。リンによると、コードに紛れたバグであるサイバーゴーストがでるという。森の中にある荒廃した城へ辿り着き、城内を探索していたハクノは人影を見かけ追いかけるが--