冬木市の穂群原学園初等部に通うイリヤは、義理の兄に淡い恋心を抱いているごくごくフツー（？）の女の子。しかしある晩、空からお風呂場に乱入してきた魔法のステッキ マジカルルビーに言葉巧みに騙され、強制契約を結ばされてしまう。魔法少女プリズマ☆イリヤとなったイリヤは、ステッキの元持ち主である遠坂凛には「私の代わりに戦いなさい」と命じられる始末。冬木市に眠るという、英霊の宿るカードの回収をする二人の前に、美遊と名乗る謎の美少女が現れて…。イリヤは全てのカードを回収し、冬木市を救うことができるのか…!?