高校3年の春を目前にした主人公・草薙結衣は、ある日、自宅である神社の蔵の中から彼女を呼ぶ声を聞く。導かれるまま蔵に足を踏み入れ、光を放つ剣を見つけた結衣。剣にふれた瞬間、強い衝撃と共に結衣は意識を失い——目覚めた先は、神々により創られた「箱庭」だった！

箱庭に召喚された結衣は、アポロンと名乗る青年に導かれた先で「箱庭」が閉ざされた場所だと知る。驚き、呆然とする結衣。そんな中、箱庭の創造主であるゼウスが現れる。ゼウスは、アポロンを始め各神話の神々に人の心を教えるため、彼らと共に学園生活を送るよう結衣に命じた——！

ゼウスの命令により始まった学園生活。命令に従わず、教室に姿を見せない神々の登校を促すため、結衣は臨海学校を提案する。臨海学校当日、アポロンや月人、バルドルの協力の下、ハデス、尊、ロキも集まった。海に着き、盛り上がる一同。いざ泳ごうと神々が水着に着替えると——!?

人間の心を理解するため、神々は部活動を行うことに。皆が様々な部活を選ぶ中、冥府の神・ハデスだけが参加しない。人との交わりを避けるハデスに結衣は悩む。ある夜、ハデスと一緒に天体観測に行くことになったが、突然の雨に降られてしまう。自分のせいで不幸になると離れるハデスを、結衣は追いかけるが——!?

神々は皆、部活動を始めたが、日本神話の海の神・尊だけが頑なに部活を拒んでいた。結衣は心配し、説得しようとするが上手くいかない。そんな中、結衣は剣の稽古をする尊を見かける。居合を長く続けている結衣との共通点から、尊は「剣の勝負で結衣が勝ったら部活に入る」と言い出して——!?

秋のある日、お月見を計画した神々と結衣。準備を引き受けた日本神話の月の神・月人は、お月見の当日、無理がたたって倒れてしまう。心配する尊の言葉も聞かず起き上がろうとする月人に、トトは「今のままでは卒業できない」と告げる。自分に何が足りないのかと困惑する月人。そこにロキが現れ、足りないのは『愛』だと言うと——!?