『本能字学園（ほんのうじがくえん）』、そこは『極制服（ごくせいふく）』という特異な制服を身にまとった生徒たちにより管理される学園。生徒会長・鬼龍院皐月（きりゅういんさつき）は「人は服を着た豚だ」と豪語し、忠実な部下本能字学園四天王と共に学園を絶対的な支配下に置いていた。そこへ現れる流浪の転校生、纏流子（まといりゅうこ）。父の亡骸に突き刺さっていた片太刀バサミの片方を持ち、もう片方の持ち主を探っていた。流子の片太刀バサミを知る皐月から話を聞き出そうとするが…。

マコの実家、満艦飾家に居候することになった流子。しゃべるセーラー服を『鮮血』と名付ける。翌朝、マコと共に学園に登校するといきなりマコがテニス部からリンチを受ける。流子はマコを救おうとするが何故か鮮血が発動せず、部長・函館臣子（はこだておみこ）の返り討ちにあってしまう。流子のクラス担任である美木杉愛九郎（みきすぎあいくろう）に救われた流子。鮮血は『神衣』と呼ばれる特別な衣服であり、着た者の血を吸うことで起動すると聞かされる。

極制服の力の源「生命戦維」を使い、鬼龍院皐月は全国学園支配を進めていた。流子の父親、纏一身（まといいっしん）博士は、それに対抗するために生命戦維だけで織り上げた『神衣』を作った。それが鮮血。しかし神衣はもう一着存在していた。その名は『純潔』。神衣『純潔』を着た皐月の強さは圧倒的で流子は追い込まれる。自分が鮮血を着こなせないのは、自分の心が原因だと気付いた流子は…。

起きてみると朝からなにやら騒がしい。今日は一学期に一度風紀部により執り行われる『本能字学園ノー遅刻デー』なのだ。通学路には無数のトラップ、遅刻をすれば即刻退学。流子はマコに連れられ、地獄絵図と化した本能町で登校を開始する。そんな中、流子たちはひょんなことからクラスメイトの大暮麻衣子（おおぐれまいこ）と行動を共にすることに。三人は力を合わせて次々とトラップを破って行くが…。

順調に本能字学園の部長たちを倒し続ける流子。その前に現れる一人の男、黄長瀬紬（きながせつむぐ）。黄長瀬は極制服の能力を無効化するミシンガンを操り二つ星の部長をすら寄せ付けない。そしていきなり流子に「神衣を脱げ」と迫る。校内で他の部活部員も交えて大乱闘となる流子と紬。追いつめられた流子を逃がそうと鮮血は自分だけで紬に戦いを挑もうとする。

皐月の右腕である四天王。その一人、猿投山渦（さなげやまうず）は皐月に直談判し、流子と一戦交える許可を得る。驚異的な動体視力で相手の動きを全て読み取り先手を討つ猿投山、流子はあっという間に追い込まれる。しかし、目さえ封じれば良いと気付いた流子は鮮血を刻んで猿投山の目を塞ぎ勝利を収める。一方負けた猿投山は、皐月にある覚悟を見せることで流子との再選のチャンスを請う。彼の覚悟とは…！