全世界の諜報部要人を集めイシュタルで開催される会議を狙って、犯罪組織ホーネットが要人暗殺計画を企てている情報を得た王室近衛隊。諜報員モリヤをして組織へ偽情報を掴ませ、そこで一気に組織壊滅の作戦行動にでようと画策したのだが、直前になって情報が偽であることを敵に見ぬかれてしまった！更に、そのモリヤまでが拉致されてしまう。

行方不明のイシュタル次期王位継承者を探す王室は、発見者に懸賞金を懸けた。しかし、現れるのは懸賞金目当ての偽王女ばかり。そんな折、L/Rの住まうクラウドハウスへ、王室近衛隊の最高責任者・カミール女史がある少女を送り届けて欲しいとやってくる。しぶしぶと任務を受けたL/Rは、執拗に追ってくるマスコミの取材攻撃をかわしながら少女を連れて列車に乗るが・・・。

古代遺跡内にある王家の財宝を守る衛星兵器が、24時間のメンテナンスに入ることになった。システムの中断を狙って財宝を略奪せんとする輩を阻止する任務を与えられたL/Rは遺跡へと赴く。到着早々、外敵の急襲を受けたL/Rは必死に防戦。しかし、気がつけば周りはエージェントだらけ。同業他社があい乱れる遺跡内に謎の通信が入る。

全世界に指名手配されている狙撃屋―グレイ・F・ストラトスがイシュタルに潜入した。“慟哭の銃弾”と呼ばれる煙草大の銃弾を使用し、如何なる状況下でも100％確実に依頼をこなす必殺の狙撃屋グレイ。L/Rはグレイの狙撃計画を阻止するとともに、彼を捕獲し当局へ引き渡す任務を与えられる。だが、狙いが王室主催の晩餐会出席者にあること以外、肝心のターゲットは分からないまま。そして更に、暗躍するもうひとつの存在がL/Rを襲う！