幼い頃、謎の男にさらわれた母を探す風助は、友だちのペンギン・ヒロユキと旅をする途中、パン屋の娘・美香と仲良くなる。そんな中、美香が、ニセ忍空の辰巳にさらわれる。彼女を助けに向かった風助は、そこで橙次の妹・里穂子に出会うのだった。

軍政府の食料搾取に苦しむこの村では、軍が村人の忍空狩りを奨励していた。村を訪れた風助は、農家の三兄弟につかまった元仲間の藍朓を助け出すが、駐屯所所長のリーが三兄弟を人質に忍空たちをおびき出そうとする。

元忍空組で里穂子の兄・橙次が帝国軍に寝返った?! 驚く風助たちだが、実は橙次は軍に紛れ込み、忍空狩りを指揮する幹部を探り出そうとしていたのだ。やっとのことでアジラダ大佐の名を聞き出す橙次。だが、それを知った大隊長は、忍空たちを抹殺しようとする。

カゼをひいた風助は、戦争で親を亡くした子供たちが暮らす「心の家」に泊めてもらうがそこに忍空を狙う帝国軍・バサラ大佐の精鋭部隊が襲いかかる。マザーや子供たちに迷惑がかからぬよう、風助は必死になって敵の攻撃に耐えるが……。

自分をかばい敵の銃弾に倒れたマザーに、ショックを受ける風助。干支忍が本気で戦う決意をした時にだけその体から出るという勝身煙が、その体を包みこむ。遅れて駆けつけた橙次と藍朓も加わり、バサラ精鋭隊との決戦が始まる。

バサラ精鋭隊の生き残りから聞いた、アラシダ大佐のいる拠点を目指し砂漠を進む風助たち。たどり着いた要塞城は帝国軍の開発した陸上戦艦だった。風助たちは、激しい攻撃をかいくぐり城に侵入するが……。