そこは現代とは異なる歴史を歩んでいるもう一つの日本。桐生鉄道高校に通う高山直人は鉄道運転手を目指す高校二年生。日本有数の安定企業の一つである國鉄への就職を希望する直人は、学生鉄道OJTと呼ばれる研修生制度に応募するのだが、今年はなぜかどの職種の希望者も公安隊へ配属されることになり、その資格を得るため西国分寺駅近くにある國鉄中央学園へ通い始めることに……。そこで直人は、男嫌いで射撃が得意な桜井あおい、成績優秀なお嬢様小海はるか、体力自慢の岩泉翔の三人となりゆきからチームを組むことになり、共に訓練を受けるのだが……。

学生鉄道OJTへの合格通知を受け取った直人の配属は東京中央鉄道公安室第四警戒班と決まる。そこで待っていたのは國鉄中央学園でともに学んだ、あおいとはるか、それに翔の三人だった。いかにもトラブルメーカーといった感じのあおいと一緒ということに一抹の不安を覚える直人。早速東京駅での勤務が始まるが、物々しく出動していく機動隊を目のあたりにして直人の不安は増すばかり。一方、あおいは思い描いていた警四での仕事とは異なる業務にイライラを募らせる。そんな中、駅構内のロッカーに仕掛けられた爆弾が爆発する事件が発生。五能たち機動隊が不在なため直人たち警四が爆弾を探すことに!?

直人と同じ桐生鉄道高校旅客輸送科で学ぶ高校二年生の札沼まりは、通称、音鉄とも言われる鉄道大好き鉄ガールだ。電車に乗務するアテンダントになるコトを目指すまりは、國鉄の子会社であるジャパン食堂株式会社のOJTに参加していた。そんなまりと一緒に東京駅へ出勤してきた直人は公安隊に配属されて一ヵ月が過ぎ、仕事にも随分と慣れてきていた。学生鉄道OJTに参加する前からのつきあいであるまりは直人の変化を感じ取り一抹の寂しさを隠せない。そんな中、まりの友人のカオルが行方不明になる。事件に巻き込まれたのではないかと直人に相談するまり。直人たちはカオルの捜索に協力するのだったが——。

人気歌手・鹿島乃亜が東京中央公安室の一日班長を務めることになり、直人たち第四警戒班がその警護役に任命される。國鉄伊東駅近くの海岸で開催される國鉄主催イベントに出演する乃亜に同行して特急踊り子号に乗り込む警四の面々。だが、踊り子号の車内では乃亜に鬱陶しがられ、伊東駅では興奮したファンから乃亜をかばった直人が頭を打って気絶するなど散々な出だし。その上乃亜に脅迫状が届いていることを知らされ、波乱含みのままイベントのリハーサルへ突入!? 不安を抱えたままイベント当日を迎えるが——。

朝早くあおいに東京駅地下の訓練施設へと連れ出された直人は、射撃訓練に実戦訓練とあおいの気の向くまま訓練につきあわされた。訓練を終えた直人へまりからメールが届く。明日の非番、直人は母校桐生鉄道高校の新入生歓迎旅行に引率役として参加する予定だった。向かう先は國鉄足尾線。普段は乗れない貨物専用区間を走れる上、キハ52に乗れるとあって直人はすっかり浮き足だっていた。そんな中、東京駅を爆破しようとした犯人の共犯が管轄内に姿を見せたとの連絡が入り、手配書が回ってくる。東京駅構内の巡回に出た直人とあおいは、その手配犯と思しき男と遭遇。功を焦るあおいは及び腰な直人を引きずって追跡を開始するが…。

足尾線での不始末の責任を咎められる形で第四警戒班は謹慎処分を受ける。家でのんびりと過ごしていた直人だが一通の手紙を受け取ったことでムードが一変——それはなんと暗殺予告だったのだ。相談しようとあおいに電話をかけるが繋がらない。はるかは、スポーツジムで体力強化に努めているところだったが、直人からの電話を受け、慌てて直人のもとへ駆けつける。國鉄秋葉原駅近くで落ちあう二人。二人は街を逃げ回るはめになるのだったが——。