むかしむかし、私たちとは異なる歴史を辿った長崎で……。信じていたものに裏切られ、卑劣な罠にかかり、許婚の父を手にかけてしまった雷蔵。許されない罪を背負い、自らも絶体絶命の危機に陥ったところを、町の何でも屋「利便事屋」に救われる。実は、彼らの正体は力なき人たちの復讐を代行する殺し屋、「REVENGER」だった。長崎で起きた事件の真相を追う中で、彼らは大きな陰謀に巻き込まれていく――。