ハンターに憧れる少女、ルビー・ローズは学長のオズピンにその力を見出され、姉のヤン・シャオロンとともに、ハンター養成学校のビーコン・アカデミーに入学することになる。そして世界最大手のダスト製造企業シュニ―・ダスト・カンパニー（S・D・C）の令嬢でありながら父と対立し、課せられたアーマー・ガイガスを倒す試練に打ち勝つことで家を飛び出すことができたワイス・シュニー。S・D・Cの怨敵であるテロ組織ホワイト・ファングから離脱したファウナスの少女、ブレイク・ベラドンナ。彼女たちもまたビーコンの新入生となる。希望と秘めた想いを胸に、ハンターを目指す4人の少女たちの物語が始まる――。