繰り返される戦争により荒廃した世界が復興の兆しを見せ始めた時代。ショク・エリアに住む劉備ユニコーンガンダムは、自警団『ドラゴンズ・ウォッチ』を率いて街を守っていた。そんなある日のこと、バグに追われた二人の男を見かける。同じく街を守る馬超ガンダム・バルバトスと趙雲ダブルオーガンダムと共に救出に向かう劉備。運命に導かれて出会った少年達による、世界を救う冒険譚が今始まる。

董卓を討つ為、敵対関係でもあった曹操と同盟を結んだのは、流通ギルド「レッドタイガー」の代表である孫堅ガンダムアストレイ。それぞれの勢力はラクヨウへの出陣の為、急ぎ準備を進める。いっぽうその頃劉備達は、ある廃れた研究所を訪れていた。そこは、かつて諸葛亮が張角と共に研究をしていた素粒子研究所であった。はたして一行は、世界を救う為の手掛かりを見つけ出せるのか。

曹操と孫堅の指揮の下、連合軍は董卓の居城“ビクトリータワー”に突入したが、内部は大量のバグがひしめいていた。曹操と共にタワーを攻略していた劉備だが、彼らの前に最大最強の敵、呂布シナンジュが立ちはだかる。その頃、一人別行動を取っていた諸葛亮は小さな手がかりを頼りに、師である張角の元にたどり着いていた。