宇宙革命軍と地球連邦軍の戦争から15年。戦災孤児のガロード・ランは、謎の紳士ライク・アントから依頼を受け、ティファ・アディールという少女を奪還した。だがティファがアントを見て怯え出したため、ガロードは彼女を連れて離脱。ティファの導きで旧連邦地下工場に逃げ込んだガロードは、「ガンダムX」を発見する！

ガンダムエアマスターとガンダムレオパルドに苦戦するガンダムXは、ティファを盾にして逃亡に成功。その頃、ガンダムXの登場を察知した情報屋は、あらゆるバルチャーにその情報を売りつけ、ガンダムXが高く売れることを触れ回っていた。そのため、穏やかな夜を過ごしていたガロードはモビルスーツに取り囲まれて…。

サテライトキャノンにより死んでいった人々の感情を感応したティファは、精神的なダメージを受け昏倒してしまう。そんな中、ガロードはジャミルに捕らわれ、彼女は船医のテクスに預けられる。その頃、アルタネイティヴ社にシャギアという男が現われた。一方、フリーデンにはオルバと名乗るモビルアーマー乗りが現われ…。

ティファの容態が急変した。それが彼女の病室に忍び込んだオルバの仕業だと知らないジャミルは、ティファを治療するために充分な医療施設のあるアルタネイティヴ社への奇襲を決定する。だがジャミルがティファに固執する理由を知らないクルーは、懐疑的にならざるを得なかった。そこでジャミルは自らの過去を告白する…。

ガンダムヴァサーゴとアルタネイティヴ社のモビルスーツに強襲され、フリーデンは交戦状態に突入した。その間にティファがアルタネイティヴ社に連れ込まれ、出撃するガンダムX。そんな時、巨大モビルアーマー、グランディーネが現れ、攻撃を仕掛けてきた。ガロードはジャミルの指示でサテライトキャノンを発射して…。

「ザコット一味」を率いるバルチャーのザコットが、フリーの女モビルスーツ乗り、エニルにガンダムXの情報を持ちかけた。その動きをまだ察知していないフリーデンは、旧連邦の工場跡地を目指していた。そんな中、ジャミルに想いを寄せていたサラは、ジャミルがティファばかりを心配していることに嫉妬して…。