自殺した生徒からメールが届く。面白半分・恐さ半分で学校中の話題になっていた。人づきあいが苦手な玲音はこの日初めて数少ない友人・ありす達から聞かされ、それを知った。帰宅後、玲音は自分の部屋にある、まれにしか開くことのないNAVIを立ち上げる。はたして、そこには自殺した生徒・千砂からのメールが来ていた。

最先端の若者達でにぎわうクラブ・サイベリア。気が進まないものの、ありすの誘いを断れずにやってきた玲音。ドアの向こうに広がるこの場所は、明らかに玲音にはなじまない。しかし、前の晩に初めてサイベリアに来た3人は、そこで言葉遣いも、服装も全く違う、玲音によく似た子を見かけたと言われ……。

翌日の学校ではサイベリアの事件が話題になっていた。そこにやってきた玲音。昨晩、玲音を1人残して帰ってしまったありすは、玲音に話しかけようとするが、話を聞きたがるクラスメイトに囲まれて身動きがとれなかった。下校時、玲音は下駄箱の中に小さな封筒を見つける。中には、1センチ四方の集積回路が入っていて……。

プシューケーを手にいれた玲音は、ネットを使って情報を手に入れることができるようになっていた。今まで感情表現に乏しかった玲音が楽しそうにNAVIのことを語る様子に違和感を感じるありす。玲音はいまやワイヤードで情報を集めるだけでなく、ワイヤードとリアル・ワールドを自由に行き交うようになりつつあった。

渋谷の繁華街。美香は、受け取ってしまったポケットティッシュの中に入っていた不気味なメッセージや小学生のナンパにうんざりしながら歩いていた。と、車が行き交う交差点のど真ん中にたたずむ少女を見つけた。美香が振り返り、玲音が見上げている巨大画面を見上げた。そのノイズまじりの巨大画面に玲音の顔が映り……。

ありすや樹里たちと街に遊びに出かけた玲音。ふと気がつくと、小学生の兄弟が空を仰いで手を広げている。青空に浮かぶ雲。その雲が動きだし、雲の合間からは、こちらを見下ろす人影らしきものが現れた。早速ワイヤードの中でその情報を集め始めた玲音は、一度抹消されたプロジェクト、キッズ・システムをつきとめる。