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時は文明開化の頃、場所は帝都東京市…。江戸川子爵家に起きた怪事件、そこに現れ颯爽と事件を解決した、一ノ宮勘太郎と名乗る青年。民俗学者と妖怪バスターの二足の草鞋を履く彼は、子爵令嬢のすずと共に訪れた神社で、幼少の頃より憧れ続ける伝説の最強妖怪「鬼喰い天狗」が封じられた封印石を発見して…。

封印を解かれ、勘太郎たちと行動を共にすることとなった春華。だが封印時の記憶を失い、鬼を殺せなくなった自らの異変に戸惑いを覚えていた。そこへ勘太郎の担当編集・レイコ女史が持ち込んだ幽霊事件に興味を持った勘太郎たちは、謎を解明せんと花街・吉原へ赴く。老舗遊郭『菊園』の看板花魁・小染太夫の口から語られた哀しい恋の物語、その真実とは…。

とある村で子どもたちが次々と行方不明になる事件が発生した。その事件を解明するため調査に乗り出した勘太郎は、この村の“山の神”が事件の鍵を握っていると考え探し回る。そんな中、今度はすずが行方不明に。そこですずを探しに山に向かった勘太郎たちは、この山の神である白天狗のスギノ様と遭遇して…。

車夫をしている誠一の依頼で、彼の幼なじみの芙美に会いにいく勘太郎たち。だが、勘太郎の面会を事件の当事者である芙美は激しく拒む。なんと彼女の顔は透明に消えかかっていたのだ。その原因は、燕尾服の男に誘われて森の写真館で撮った一枚の写真。この写真が彼女の魂を吸っていたのだ。そして、レイコにも魔の手が忍びより…。

幼なじみの夢奴の相談で、両国を訪れた勘太郎たち。ここで芸者をしている夢奴の話によると、彼女は今、人形師・青柳新三郎の屋敷に出向き、毎夜彼の前で踊っているらしい。だが、屋敷には青柳と夢奴以外誰もいないはずなのに、なぜか憎しみに満ちた視線を感じるという…。勘太郎はその原因を探るため、人形屋敷、青柳邸を訪れる。

街中に夜な夜な現れるという噂の幽霊電車。勘太郎たちは調査を開始するが、春華は電車のモーター音が苦手らしく終始不機嫌。毎晩現れる時刻に手がかりを得た勘太郎と春華は、バトルの末にその謎を解き明かす。なんと幽霊電車の正体は半年前に事故を起こした車両だった。しかしその目的とは一体？ 一方、すずは街頭で一人の少女と出会う…。