西暦2999年。第三次星間戦争が終結し、ようやく戻った宇宙の平和もゲルマ帝国の侵攻によって打ち破られた。この危機を救えるのはドクトル・ベンが秘かに進めていた「X計画」だけだ！ そう判断した防衛軍長官、ジェネラル・黒田は、Xボンバーのパイロットとして銀河シロー、ボンゴ・ヘラクレス、ビッグマン・リーをベンの下へ派遣する。ゲルマ帝国の探し求める「F-01」とは？ その鍵を握る謎の美少女ラミアの正体は？ 全宇宙の命運を賭けた、Xボンバーとゲルマ帝国の戦いが始まった。