武藤遊戯がいた時代から数十年後の童実野町。そこは貧富の差などから分けられた階級社会ネオ童実野シティへと変貌を遂げていたい。サテライトエリアにいる不動遊星はライバルであり、現在ライディング・デュエルのチャンピンであるジャック・アトラスのいるいるトップスエリアを眺めていた。あの場所に行き、目的を果たすと誓い。遊星の仲間であるラリーが、デュエルデスクの発展系であるＤ・ホイールの部品を手に入れ、遊星のもとにやってくる。受け取る遊星のもとに治安維持局のセキュリティが包囲するのであった。仲間のラリーをかばおうとする遊星はセキュリティにデュエルを挑むのであった。遊星とセキュリティの一人牛尾のライディング・デュエルが始まるのであった。[アクション/バトル][PICK]

サテライトの工場で働いていたナーヴやタカやブリッツたちの前にシティから来たという瓜生たちが絡んでくる。一方、遊星はジャックからあるものを取り返すためにＤ・ホイールの整備を行っていた。そんな遊星のところに瓜生に殴られらナーヴたちが戻ってくるのだが、瓜生たちも因縁をつけにくるのであった。そして遊星のＤ・ホイールをかけてデュエルをするようと強要する。遊星と瓜生のデュエル。瓜生はいきなり攻撃力2400の電動刃虫を召喚する。一方、遊星はシールド・ウォリアーを守備表示で召喚するのであった。

ジャックのいるネオ童実野シティの中心部に向かう遊星。ラリーは自分の大切なカード「ワンショット・ブースター」手渡し、応援するのであった。唯一、ネオ童実野シティとサテライトを結んでいるパイプラインを目指して走る遊星の前にまたもや現れるセキュリティの牛尾。牛尾は特殊追跡デッキを用い、強制的にデュエルするのであった。時間内にパイプラインを突破しなければならない遊星に対してあえてスピードワールドの効果がうけられないゲートブロッカーを召喚する牛尾。その壁を突破するために遊星はスピード・ウォリアーを召喚し対抗するのであった・

パイプラインを突破した遊星の前に立っているジャック。それぞれの思いを胸に遊星のエースカード「スターダスト・ドラゴン」をかけてライディング・デュエルを行うことに。観客のいないデュエル・スタジアムに対峙する遊星とジャック。静寂の中で２台のＤ・ホイールが動きだす。遊星はボルト・ヘッジホックを守備表示で召喚し、対してジャックはマッド・デーモンを召喚し、攻撃をしかける。

捕らえられた遊星は治安維持局によって頬にマーカーをつけられる。そして収容所へとおくられる遊星。その護送車の中で矢薙という老人に出会うのであった。一方、ジャックはゴドウィンたちが昨晩の戦いを見ており、そしてその戦いの結末がジャックにとって信じられないことであることを知る。収容所についた遊星たちを待ち受けていたのは、氷室という元プロデュエリスト。いきなりデュエルを挑まれるもデッキをもっていない遊星は戦えず、矢薙と氷室がデュエルをすることに。矢薙は秘宝デッキを自慢げに見せながら、デュエルを開始するのであった。先行の矢薙は水晶ドクロを召喚するのだが。