시즌 3, 에피소드 2: 잃어버린 2년의 진실을 찾고자 시드니는 CIA에 구금된 사크와 대면한다. 하지만 새로운 테러 조직인 커버넌트가 그들이 납치한 두 과학자와 사크의 맞교환을 요구하자, 시드니는 원치 않게 포로 교환을 진행하고, 곧 그들이 시드니가 잃은 기억과 관련이 있음을 알게 된다. 한편, 잭은 슬론이 시드니의 실종에 관여했을 가능성을 제기하며 그를 추궁한다.
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