시즌 1, 에피소드 6: 연합군에서 나온 타치바나 쇼의 도움으로 대미지를 입은 사오토메 연구소의 보강은 이루어지고 있었지만, 타쿠마, 카무이, 바쿠는 특별 명령을 받고 인도양으로 향했다. 같은 시각, 하와이 해상에서 적들의 거대한 스토커에 대한 연합군의 대규모 작전이 결행되었으나 실패하고 말았다. 전 세계에 퍼져있는 스토커에서도 시공을 넘어서 곤충 군대가 습격해오는 상황. 연합군의 방어막도 완전하지는 않은 가운데 D2와 드론 스텔바가 고전하고 있는 전장에 갑자기 수수께끼의 로봇이 출현했다. 거기에 타고 있는 건 적인가 아군인가.