19년 전의 대전 종료 이후 아직 부흥을 이뤄내지 못한 지구. 사오토메 연구소에서 겟타선 연구를 이어받은 진 하야토는 수수께끼의 적으로부터 지구를 지키기 위해 D2 부대를 조직했다. 강력한 적을 상대로 D2는 고전. 새롭게 겟타 로보 아크가 완성되었지만, 그에 맞는 능력을 가진 파일럿은 아직 카무이 한 명뿐이었다. 파일럿은 앞으로 두 명이 더 필요했다. 한편, 어머니의 원수를 쫓는 나가레 타쿠마는 그 단서를 찾아 파트너인 야마기시 바쿠와 함께 사오토메 연구소로 향하고 있었는데...

사오토메 연구소에서 진 하야토와 얼굴을 마주하게 된 타쿠마. 하야토는 타쿠마와 바쿠에게 카무이와 함께 아크에 타라고 말했다. 타쿠마의 어머니의 원수에 대한 단서를 잡지는 못한 채 운명의 수레바퀴가 크게 돌아가기 시작했다. 주먹의 대화로 서로에 대해 조금이나마 이해하고 빠르게 인연을 쌓는 타쿠마와 카무이. 이렇게 새로운 겟타 팀이 탄생했다. 그러던 와중, 사오토메 연구소 상공에 시공 전이 포인트가 열리고 대규모의 적들이 습격해왔다. D2 부대가 발진한 가운데 아직 합체조차 제대로 해본 적 없는 타쿠마 일행은 사오토메 연구소에서 그저 전황을 지켜볼 수밖에 없었는데...

압도적인 물량으로 사오토메 연구소를 포위한 인섹터들. 하야토는 시키시마 박사의 연구소 방어 시스템을 발동시킨 것과 동시에 타쿠마, 카무이, 바쿠 팀을 발진시켜 전장에 투입했다. 적과 아군 모두 두려워하는 포격이 빗발치는 상황 속에서도 이를 뚫고 나아가는 타쿠마, 카무이 그리고 바쿠. 세 사람은 하야토가 예상한 대로 궁지를 즐기는 것마냥 기합과 열정이 끓어오른 상태였고, 기대 이상의 움직임으로 적들을 소탕해나갔다. 그런데, 인섹터들이 사라진 하늘에 시공을 초월해서 거대한 입체영상이 재생되었다. 그것은 타쿠마가 찾아 헤맸던 어머니의 원수인 맥도널드였는데...

좀처럼 잠이 오지 않는 밤에 타쿠마, 카무이, 바쿠는 각자의 방에서 나와 한밤중에 연구소를 돌아다녔다. 사오토메 박사의 겟타선을 연구하던 중 거기에 적의 전이 시스템을 해명할 힌트가 있음을 발견한 하야토. 연구소를 활보하는 유령들. 그리고 어두운 밤에 섞여 적의 함정이 움직이기 시작했다. 누군가에게 안내받기라도 한 것마냥 구 연구소 구획 게이트 앞에서 합류한 타쿠마, 카무이, 바쿠. 타쿠마 일행이 본 것은 과연 무엇일까. 한편, 하야토는 벤케이를 남겨두고 진 겟타 로보를 타고 날아올라, 처음으로 곤충형 적과 조우해 싸웠던 그날의 기억을 떠올렸는데...