2만 년 동안 잠들어 있던 고질라를 목격한 지구탈환군은 혼란에 빠진다. 아종 고질라를 겨우 물리쳤던 하루오 일행은 도망가다가 원주민인 후투아족의 도움으로 겨우 목숨을 건진다. 그 후 고질라에게 대항하기 위해 건조된 메카 고질라 시티를 발견한 하루오 일행은 메카 고질라 시티에서 발견 나노 메탈을 이용해 고질라를 제거하려 한다.