초고속 네트워크 사회 속에서 더욱 지능적이고 흉악한 범죄가 일어나기 시작하자 정부는 비공식 사이보그 부대를 만들어 공안 9과 공각기동대를 탄생시킨다. 그러던 어느 날, 정보 조작, 테러 등의 범죄를 저질러 국제적으로 수배를 받고 있는 인형사가 일본에 떴다는 소식이 공각기동대에 전해진다. 이에 부대의 대장인 쿠사나기가 인형사 제거 임무를 맡게 된다.