게임왕국의 네모 바이러스가 뽀롱뽀롱 마을까지 침투하여 크롱과 포비를 네모로 만든다. 뽀로로와 친구들은 백신을 이용해 바이러스를 퇴치하고 두 세계를 구하기 위한 모험을 시작한다.