인류를 없앨 수 있는 요괴 바이러스 어둠깨비가 세상에 등장한다. 라선은 요괴 바이러스 어둠깨비를 지구에 퍼뜨리고, 서도영을 이용해 어둠의 힘을 키운다. 위스퍼는 새 요괴워치의 주인을 찾던 중 윤단아를 만난다.