악의 집단 돼지발굽이 컴퓨터 바이러스를 퍼뜨려 세계를 정복하는 것을 막기 위해서, 비밀조직 JPL은 요원 깜찍이를 파견해 돼지발굽의 바이러스 디스크를 가져오고자 한다. 깜찍이는 추격을 받아 도망치던 중 우연히 짱구네 유치원 친구들이 현장학습 중인 유람선으로 들어가게 되고, 이에 짱구와 떡잎 방범대가 악당들에게 함께 납치를 당하게 된다. 한편 이 사실을 알리는 다른 JPL요원 덩치와 함께, 짱구의 부모님은 아이들을 구하기 위한 여정을 시작한다.