실험을 통해 세계 최강 포켓몬을 만들려던 과학자들은 뮤의 복제 포켓몬인 뮤츠를 만들어낸다. 그러나 과학자들의 예측과는 달리, 인간을 향한 적개심으로 가득 차있던 뮤츠는 트레이너들의 포켓몬들을 납치하여 복제 포켓몬들을 만들어낸다.