과학자 뉴턴 그레이스 랜드는 현실의 평행 우주인 반전 세계를 발견하고 그 안에 기라티나라는 전설의 포켓몬이 살고 있음을 확인한다. 이후 뉴턴 박사는 자신의 사악한 조수가 기라티나를 손에 넣으려고 하자 애쉬 일행에게 도움을 요청한다.