뉴톡시티를 구경하던 지우 일행은 3억 년 전 화석에서 부활한 포켓몬 게노세크트의 갑작스러운 공격을 받게 된다. 전설의 포켓몬 뮤츠는 위기에 처한 지우 일행을 구하기 위해 사상 최고의 스피드를 가진 게노세크트와 치열한 격돌을 펼친다.