대도시 뉴톡시티에서 '포켓몬힐스'를 구경하던 지우와 친구들 앞에 갑자기 나타난 '3억 년 전 화석에서 부활한 포켓몬 게노세크트'. 게노세크트를 만난 지우와 친구들은 그들을 도와주려 하지만 리더 '붉은 게노세크트'의 갑작스런 공격으로 위험에 빠진다..!그 순간 나타나 지우와 친구들을 위기에서 구한 '전설의 포켓몬 뮤츠'. '게노세크트'와 같이 인간에 의해 태어난 뮤츠는 어떻게든 힘이 되어주려 하지만 그 마음은 전해지지 못한 채 결국 두 포켓몬은 서로 격돌하게 되는데!!가공할만한 위력의 각성한 뮤츠, 사상 최고의 스피드를 자랑하는 게노세크트. 운명적으로 맞붙게 된 이 둘의 대결의 결과는 과연?!
