어느 날 숲에서 포켓몬 사냥꾼에게 쫓기는 세레비를 만난 '용호'. 우연히 세레비와 시간을 뛰어넘게 되고, 40년 후의 세계에서 지우와 친구들은 만난다. 하지만 그곳에선 세계정복을 꿈꾸는 로켓단 '비셔스'가 세레비를 노리는데...지우와 친구들은 과연 세레비와 숲을 구할 수 있을 것인가!?