지우는 포켓몬 마스터가 되기 위해 최고의 동료이자 그의 첫 번째 포켓몬 피카츄와 여행 중이다. 그리고 지우의 일행 웅이, 혼연지방에서 새로 사귄 봄이와 그녀의 동생 정인이와 함께 포켓몬 파크에 도착한다. 여기서 그들에게 천년에 한 번 나타나는 천년 혜성을 경험할 값진 기회가 주어진다. 그러던 중 이곳에서 중요한 비밀이 보관된 신비의 돌을 찾게 되고 동시에 천년 혜성이 밤하늘에 나타나니 지금까지 보지 못한 아주 신비로운 포켓몬이 깜짝 등장한다.