출동! 파자마 삼총사

새로운 놀이기구, 하늘을 나는 기차의 소식을 들은 아마야와 아이들은 들뜬다. 그러나 이때, 기차가 사라졌다는 사실을 알게 된 아마야와 코너, 그리고 그렉은 기차를 찾기 위해 파자마 삼총사로 변신한다; 무더운 더위에 지친 아이들에게 시원한 물을 뿌려주던 스프링클러가 고장난다. 그리고 물탱크에서 나온 나방을 발견한 파자마 삼총사는 출동을 결심한다.

플래시걸 시리즈에 푹 빠진 아마야는 그녀의 기술을 동경한다. 곧, 독서 시간을 맞은 아이들은 교실로 들어가지만, 로미오의 사진으로 가득한 책장을 발견한 파자마 삼총사는 범인을 잡기 위해 나선다; 아마야와 코너, 그리고 그렉은 새 단장을 끝낸 박물관을 찾지만, 침입의 흔적이 보이자 출동을 결심한다.

놀이터를 찾은 파자마 삼총사는 눈에 띄게 작아진 동네의 풍경을 발견한다. 그리고 어둠의 악당을 잡기 위한 이들의 활약이 시작된다; 자신의 축구 실력을 뽐내고 싶어하는 아마야는 친구들에게 패스 한번 하지 않은 채 골대를 향해 축구공을 찬다. 그러나 이때, 빗나간 축구공을 찾기 위해 나선 그녀와 그렉, 그리고 코너는 수상한 루나걸의 흔적을 발견한다.

동물원에 도착한 아마야와 그렉, 그리고 코너는 나비가 아닌 나방을 발견한다. 그리고 나방의 등장과 함께 루나걸의 꿍꿍이를 알아차린 이들은 파자마 삼총사로 변신한다; 친구들의 외침에도 불구하고 아마야는 좀처럼 공을 패스하지 못하지만, 기적의 득점에 성공한다. 그러나 이때, 사라진 심판의 호루라기와 함께 나방을 발견한 파자마 삼총사는 루나걸을 찾아 나선다.

친구들 앞에서 시를 낭송하던 그렉은 발표를 향한 부끄러움을 떨쳐내지 못한다. 그러나 이때, 그의 곁에 다가온 의문의 박스는 그렉의 목소리를 빼앗는다; 마스터 팡이 나오는 프로그램을 보기 위해 모인 아마야와 그렉, 그리고 코너는 도둑맞은 그의 검을 찾기 위해 변신한다.