텔레비전을 시청하던 닌자 거북이들은 자신들이 탄생하게 된 원인과 관련된 실마리를 얻고 TGRI로 향해 해당 물질을 찾기 시작하지만 아쉽게 실패하고 만다. 한편 모든 것이 끝났다고 생각나던 그때, 생각지 못한 기회를 통해 더 풋의 본부의 위치를 손에 넣은 이들은 예상외의 인물을 맞닥뜨리게 된다.