메이쿠몬에게 이상이 생기면서 현실 세계와 디지털 세계에도 영향을 미친다. 선택받은 아이들의 디지몬도 파닥몬을 시작으로 하나둘 감염되기 시작하고 짝꿍 디지몬을 구하려던 아이들은 디지털 세계에 얽힌 비밀을 알게 된다.