자신의 행성이 멸망하자 탈출용 우주선에 태워져 지구로 보내진 메가만인드는 교도소에서 죄수들의 손에 키워지고, 뭘 해도 따돌림받고 꼬이다 보니 모든 것을 체념하고 악당이 된다. 한편, 영웅 메가톤맨의 약점을 우연히 알아내고, 메가톤맨을 위성 레이저로 날려버리는 데 성공한다. 메가톤맨이 없는 도시에서 신나게 활개 치고 다니는 것도 잠시 곧, 모든 것이 지루해지고, 슈퍼 파워를 부여하는 약을 개발하고 직접 자신과 싸워줄 영웅을 만들어 낸다.