미국의 작은 시골 마을, 고등학교 수업이 진행되는 어느 날 뇌우를 동반한 정체 모를 대규모 붉은 폭풍이 마을을 덮친다. 자동차며 전봇대며 모든 물건들을 빨아 올려 붕괴시켜 버리는 엄청난 파괴력을 가진 그 폭풍이 결국 대도시까지 초토화시키자 전국은 방송과 통신이 두절되고 사망자가 속출하게 된다.한편 매건과 친구 윌이 과학 박람회에 출품한 발명품을 관심 있게 보던 입자 물리학자는 그것이 거대 폭풍을 잠재울 유일한 열쇠임을 알아차리고 그 아이들을 만나러 찾아온다. 그러나 전기를 동반한 퍼펙트 스톰으로 인해 비행기는 추락하고 사람들은 하나씩 죽어가는데 두 학생이 만든 작은 기계가 세상을 구할 수 있을 것인가...