슈퍼맨과 조드 장군의 격렬한 전투 이후 메트로폴리스는 파괴되었고 슈퍼맨은 세계 최고 논쟁의 인물이 되어버린다. 한편 배트맨은 그 동안 타락했던 많은 자들처럼 슈퍼맨 역시 언젠가 타락을 할 것이라 생각하며 사회에서 가장 위험한 존재로 여긴다. 그리하여 배트맨은 세계의 미래를 위해 무모하고 제어할 수 없는 힘을 가진 슈퍼맨으로 인해 벌어졌던 일들을 바로 잡으려 하는데... 신에 버금가는 슈퍼 히어로의 독주를 우려하는 고담 시의 수호자는 메트로폴리스의 구원자에게 결투장을 내밀고, 사람들은 세계에 필요한 진정한 슈퍼 히어로가 누구인지 논쟁을 벌인다. 배트맨과 슈퍼맨이 서로 싸우는 동안 그 어느 때보다 인류를 위험에 처하게할 새로운 위협이 다가온다.
