자신이 스파이더맨임을 숨기고 살아야 하는 대학생 피터 파커는 사랑하는 메리제인에게도 사실을 말할 수 없어서 마음을 제대로 표현하지 못하는 곤란한 상황을 겪는다. 한편, 연구 중 폭발로 인해 기계 촉수와 초인적인 힘을 얻게 된 닥터 옥터퍼스는 아버지를 죽인 스파이더맨에게 복수심을 불태우는 해리에게 스파이더맨을 제거할 수 있다며 위험한 제안을 한다.