지도 제작자이자 언어학자인 마일로 싸치는 협회에서 아틀란티스가 존재한다고 주장하지만 번번히 무시를 당한다. 할아버지로부터 '목동의 일지' 가 아틀란티스 제국을 찾을 수 있는 단서라고 전해 들은 마일로 싸치에게 한 억만장자가 찾아와 '목동의 일지' 를 보여주고 자신의 탐험대를 아틀란티스로 인도해달라고 부탁한다. 마일로 싸치 팀은 바다 속 괴물로부터 공격을 받는 등 어려움 끝에 아틀란티스에 도착하게 되고 실제로 아틀란티스 제국에 사람들이 살고 있다는 사실을 알게 된다. 아틀란티스는 크리스탈의 신비로운 힘에 의해 존재하게 되는데 마일로 싸치와 동행한 탐험대 팀은 이 크리스탈을 노리게 되고, 마일로 싸치는 아틀란티스를 멸망으로부터 구원하기 위한 싸움을 시작한다.
