미스터 인크레더블는 초능력을 가진 슈퍼히어로라고 유명세를 날렸지만, 지금은 한 가정의 아빠로 회사원으로 살고 있다. 어느 날 그에게 매력적인 여자가 다가오고 이내 수상한 조직의 비밀스러운 의뢰를 받게 된다. 슈퍼히어로로 복귀하고 싶었던 그는 위험한 작전을 펼치기 위해 지시받은 섬으로 향한다.