케로로와 똑 닮은 석상을 발견한 우주와 케로로는 그 비밀을 파헤치기 위해 신비로 가득 찬 이스터섬으로 떠난다. 거대한 석상 모아이가 늘어선 섬에서 케로로 소대는 시공간을 초월한 모험을 하게 된다.