남미에 있는 마추픽추를 찾은 케로로 소대와 후유키는 유적에 숨겨진 비밀 공간을 찾는다. 케로로는 그곳에 있던 수상한 열쇠를 건드리고 유적은 지진을 일으킨다. 가까스로 탈출해 일본으로 돌아온 케로로는 자신과 닮았지만, 더 유능한 다크 케로로를 만난다. 다크 케로로는 세뇌 기술을 사용해 몇 분 만에 지구인들을 정복한다.